1、金融控股公司由于占有金融资源过大，其系统风险的危害比较大。在金融控股公司中，无论将部门的风险分散化到怎样的程度，即使系统内部不发生风险，但是由于系统外的风险，也会波及到系统内。在金融控股公司或全能银行体系中，这种不能分散的风险可能导致系统风险。这是因为，首先，金融控股公司或全能银行控制的金融资源占据着金融和经济活动的绝大部分，可能使整体经济暴露在风险之中;其次，金融控股公司或全能银行使银行与产业之间建立更紧密的联系，这样就可能使震荡更容易传播。
2、内幕交易和利益冲突
金融控股公司的各子公司之间进行关联交易，使得集团内各子公司的经营状况相互影响，这就增大了金融控股公司的内幕交易和利益冲突的风险。由于集团内子公司的利益相互影响，所以就可能出现子公司之间进行内幕交易、损害消费者利益的现象。
3、财务杠杆比率过高
金融控股公司可以提高财务杠杆比率，比如总公司以外来资本(如通过发债或借款)拨付给子公司的资本金，在总公司和子公司的资产负债表中都同时反映出来。如果该子公司用该笔资金在集团内继续投资，则该笔资本就被重复利用，这意味着资产重复计算，可能会使整个集团的财务杠杆比率过高，影响到集团的金融安全。
